اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 19 |
| تعداد شماره‌ها | 380 |
| تعداد مقالات | 3,121 |
| تعداد مشاهده مقاله | 4,250,845 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 2,844,984 |
Molecular phylogeny of the family Araceae as inferred from the nuclear ribosomal ITS data | ||
| Iranian Journal of Genetics and Plant Breeding | ||
| مقاله 4، دوره 5، شماره 1 - شماره پیاپی 9، تیر 2016، صفحه 32-39 اصل مقاله (851.76 K) | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.30479/ijgpb.2016.1041 | ||
| نویسندگان | ||
| Leila Joudi Ghezeljeh Meidan1؛ Iraj Mehregan* 1؛ Mostafa Assadi2؛ Davoud Farajzadeh3 | ||
| 1Department of Biology, Science and Research Branch, Islamic Azad University, P. O. Box: 14778-93855, Tehran, Iran. | ||
| 2Research Institute of Forest and Ranglands, National Botanical Garden of Iran, Tehran, Iran. | ||
| 3Department of Cellular and Molecular Biology, Faculty of Biological Sciences, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran. | ||
| تاریخ دریافت: 06 اردیبهشت 1396، تاریخ پذیرش: 06 اردیبهشت 1396 | ||
| چکیده | ||
| The internal transcribed spacer regions of nuclear ribosomal DNA are widely used to infer phylogenetic relationships in plants. In this study, it was obtained the ITS sequences from 24 samples of Araceae in Iran, representing 3 genera: Arum L., Biarum Schott. and Eminium (Blume) Schott. Phylogenetic analyses were conducted by Bayesian inference and maximum Parsimony methods. Cladistic analysis of ITS dataset indicated that all species constituted a monophyletic clade, with no major subclades with robust support. Eminium lehmani Bge., Eminium intortum Banks and Sol. and Eminium alberti Rgl. were considered as outgroups. Biarum and Arum species were placed in a monophyletic clade as sister groups and B. platyspatum Bornm., B. Carduchorum Schott., and B. straussi Engl. were grouped in a monophyletic clade. A. maculatum L., A. giganteum Ghahreman, Some populations of A. conophalloides Schott and A. virescense Stapf. were placed in cluster I. Some populations of A. virescence and A. conophalloides were placed in cluster II, A. kotschyi Boiss. and A. korolkowii L. were placed in cluster III. All these three clades had poor supports. Arum giganteum Ghahreman was introduced as new species in Iran, but in Arum monograph it is mentioned as potentially equivalent to Arum rupicola Boiss. The data obtained from the molecular studies in this research could separate these two species and confirmed previous studies. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| Cluster؛ Internal transcribed spacer؛ Iran؛ Monophyly؛ Phylogenetic relationship | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| فیلوژنی مولکولی خانواده گل شیپوری بر اساس داده های ناحیه ITS ریبوزومی هسته | ||
| نویسندگان [English] | ||
| لیلا جودی قزلجه میدان1؛ ایرج مهرگان1؛ مصطفی اسدی2؛ داود فرج زاده3 | ||
| 1گروه زیست شناسی دانشگاه آزاد اسلامی، واحد علوم و تحقیقات، تهران، ایران، کدپستی: 93855-14778. | ||
| 2استاد پژوهش، موسسه تحقیقات جنگلها و مراتع کشور، تهران، ایران. | ||
| 3دانشیار گروه زیست شناسی، سلولی و مولکولی، دانشکده علوم، دانشگاه شهید مدنی آذربایجان، ایران. | ||
| چکیده [English] | ||
| منطقه ITS از DNA ریبوزومی هسته ای به طور گسترده برای استنباط روابط فیلوژنتیکی در گیاهان مورد استفاده قرار می‌گیرد. در مطالعه حاضر، توالی STI بیست و چهار نمونه از ایران در کنار سایر توالی‌های این جنس در بانک ژن از .Araceae L در ایران از جنس‌های .Arum L، .Schott Biarum و .Blume) Schott) Eminium مشخص گردید. آنالیز فیلوژنتیکی با روش‌های بایسین و Maximum Parsimony انجام گرفت. تحلیل کلادیستی روابط فیلوژنتیکی نشان داد تمامی گونه‌های متعلق به جنس Arum یک گروه تک نیا تشکیل می‌دهند. .Eminium lehmani Bge، Eminium intortum Banks و .Sol و.Rgl Eminium alberti برون گروه در نظر گرفته شد. گونه‌های .Biarum Schott و .Arum L به صورت خواهری در یک کلاد تک نیا قرار گرفتند.. B. Carduchorum، B. platyspathum و B. straussi در یک گروه تک نیا و اغلب گونه‌های جنس Arum در چندین شاخه تک نیا قرار گرفتند. در خوشه I ، A. maculatum، A. giganteum، بعضی از جمعیت‌های virescensce .A و A. conophalloides قرار گرفت. بعضی از جمعیت‌های A. virescensce و conophalloides .A در خوشه II گروه بندی شد. A. kotschyi و A. korolkowii در خوشه III گونه‌هایی با شباهت‌های زیاد بودند. تمام این شاخه‌های دارای شاخص حمایت ضعیفی بودند. A. giaganteum Ghahreman گونه ای است که به عنوان گونه جدید از ایران معرفی شده است ولی مونوگراف Arum ، این گونه را معادل Arum rupicola معرفی کرده است. آنالیزهای مولکولی این تحقیق، دوگونه را از هم جدا کرده و مطالعات قبلی را تایید کرده است. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| کلادیستیک, فاصله انداز رونویسی شونده داخلی, ایران, تک نیایی, روابط فیلوژنتیکی | ||
| مراجع | ||
|
tification. IEEE Transactions on Automatic Control, 19: 718-723.
Baldwin B. G., Sanderson M. J., Porter, J. M. Wojciechowski M. F., Campbell C. S., and Donoghue M. J. (1995). The ITS region of nuclear ribosomal DNA: a valuable source of evidence of Angiosperm phylogeny. Annals of the Missouri Botanical Garden, 82: 247-277.
Bogner J., and Petersen G. (2007). The chromosome numbers of the aroid genera. Aroideana, 30: 82-90.
Boyce P. C. (1988). A new classification of Arum with keys to the infrageneric taxa. Kew Bulletin, 44 (3): 383-395.
Boyce P. C., and Croat T. B. (2011). The Uberlist of Araceae: totals for published and estimated number of species in aroid genera, pp. 3. http://www.aroid.org/genera/111109uberlist.
Cabrera L. I., Salazar G. A., Chase M. W., Mayo S. J., Bogner J., and Davila P. (2008). Phylogenetic relationships of aroids and duckweeds (Araceae) inferred from coding and noncoding plastid DNA. American Journal of Botany, 95: 1153-1165.
Chouteau M., Gibernau M., and Barabe D. (2008). Relationships between floral characters, pollination mechanisms, life forms, and habitats in Araceae. Botanical Journal of the Linnean Society, 156: 29-42.
Cusimano N., Barrett M. D., Hetterscheid W. L. A., and Renner S. A. (2010). Phylogeny of the Areae (Araceae) implies that Typhonium, Sauromatum, and the Australian species of Typhonium are distinct clades. TAXON, 59 (2): 439-447.
Cusimano N., Bogner J., Mayo S., Boyce P. C., Wong S. Y., Hesse M., Hetterscheid W. L. A., Keating, R. C., and French, J. C. (2011). Relationships within the araceae: comparison of morphological patterns with molecular phylogenies. American Journal of Botany, 98(4): 654-668.
Douzery E. J., Pridgeon A. M., Kores P., Linder H. P., Kurzweil H., and Chase M. W. (1999). Molecular Phylogentics of Disease (Orchidaceae): A contribution from Nuclear Ribosomal ITS Sequences. American Journal of Botany, 86: 887-899.
Doyle J. J., and Doyle J. L. (1990). Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus, 12: 13-15.
Espindola A., Buerki S., Bedalov M., Kupfer P. H, and Alvarez N. (2010). New insights into the phylogenetics and biogeography of Arum (Araceae): unravelling its evolutionary history. Botanical Journal of the Linnean Society, 163: 14-32.
Ghahreman A. (1983). Arum giganteum (Araceae), a new species from w. Iran. Iranian Journal of Botany, 2 (1):79-81.
French J. C., Chung M. G., and Hur Y. K. (1995). Chloroplast DNA phylogeny of the Ariflorae. Monocotyledons: Systematics and Evolution, 1: 255-275.
Friis E. M., Pedersen K. R., and Crane P. R. (2010). Diversity in obscurity: fossil flowers and the early history of angiosperms. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 365: 369–382.
Huelsenbeck J. P., and Ronquist F. (2001). MrBayes: Bayesian inference of phylogeny. Bioinformatics, 17: 754-755.
Joudi L., Mehregan I., Assadi M., and Farajzadeh D. (2016). Genetic Diversity and Classification of Wild Arum (Araceae) Species Using Morphological Characters in Iran. Electronic Journal of Biology, 12(3): 302-308.
Keating R. C. (2002). Acoraceae and Araceae. In:Gregory M., and Cutler D. F. [eds.], Anatomy of the monocotyledons, Oxford University Press, Oxford, U.K, vol. 9.
Maddison W. P., and Maddison D. R. (2010). Mesquite (version 2.74):A modular System for Evolutionary Analysis. http:// mesquiteproject. Org/
Mansion G., Rosenbaum G., Schoenenberger N., Bacchetta G., Rosselló J. A. and Conti E. (2008). Phylogenetic analysis informed by geological history supports multiple, sequential invasions of the Mediterranean Basin by the angiosperm family Araceae. Systematic Biology, 57(2): 269-285.
Mayo S. J., Bogner J., and Boyce P. C. (1997). The genera of Araceae. The Trustees, Royal Botanic Gardens, Kew, U.K, pp. 380.
Nauheimer L., Metzler D., and Renner S. (2012). Global history of the ancient monocot family Araceae inferred with models accounting for past continental positions and previous ranges based on fossils. New Phytologist, 195: 938–950.
Posada D., and Crandall K. A. (1998). Modeltest: testing the model of DNA substitution. Bioinformatics, 14(9): 817-818.
Posada D. (2008). jModelTest: Phylogenetic Model Averaging. Molecular Biology Evolution, 25: 1253-1256.
Swofford D. L. (2002). Phylogenetic analysis using parsimony (PAUP). Ver. 4. Sinauer Associated Sunderlandm Massachusetts.
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1,902 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 1,072 |
||