اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 20 |
| تعداد شماره‌ها | 347 |
| تعداد مقالات | 2,871 |
| تعداد مشاهده مقاله | 3,262,294 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 2,396,920 |
Genetic diversity of dog rose (Rosa canina L.) using ISSR markers | ||
| Iranian Journal of Genetics and Plant Breeding | ||
| مقاله 1، دوره 8، شماره 2 - شماره پیاپی 16، مرداد 2019، صفحه 1-8 اصل مقاله (503.7 K) | ||
| نوع مقاله: Research paper | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.30479/ijgpb.2020.9955.1222 | ||
| نویسندگان | ||
| Maryam Jamali1؛ Alireza Ghanbari* 1؛ Asghar Estaji1؛ Mousa Torabi Giglou1؛ Mahdi Saidi2 | ||
| 1Department of Horticultural Sciences, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Mohaghegh Ardabili, P. O. Box: 56199-11367, Ardabil, Iran. | ||
| 2Department of Horticultural Sciences, Faculty of Agriculture, University of Ilam, Ilam, Iran. | ||
| تاریخ دریافت: 17 اسفند 1397، تاریخ بازنگری: 14 اردیبهشت 1399، تاریخ پذیرش: 21 دی 1398 | ||
| چکیده | ||
| Dog Rose is one of the most important species in Rosaceae family used as a medicinal plant and a rootstock for ornamental roses. This species is native to Iran, therefore, identification of indigenous genotypes of this species is important for genetic preservation or breeding purposes. Genetic diversity estimation of plant materials is one of the important pre-breeding activities in breeding crops. In this study, genetic variation of 23 genotypes of R. canina was investigated using fifteen ISSR markers. The genotypes were collected from three regions of Ardabil province (Namin, Nir and Khalkhal). The results showed that all primers generated clear and consistent polymorphic bands (77% polymorphism) but, ISSR-15 revealed a high numbers of polymorphic bands and was superior to other markers. Also, the ISSR-15 produced the highest number of polymorphic bands with seven scorable bands, while the UBC-823 and UBC-825 markers had the least number of bands (3 bands). The clustering pattern of genotypes was related to geographic regions. The genotypes from Khalkhal region were separated from other genotypes (Nir and Namin genotypes) in cluster analysis. The results of the current study indicated that the ISSR markers separated genotypes based on geographic region. The best way to select parents is to use genotypes with high genetic distances. Therefore, we determined the genetic distance among genotypes. According to the results, ISSR is an efficient marker system that can provide excellent information among R. canina genotypes. Finally, the obtained results indicated that the R. canina genotypes investigated in this research have a wide genetic diversity. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| Genetic distance؛ ISSR؛ Molecular markers؛ Rosa canina | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| ارزیابی تنوع ژنتیکی نسترن وحشی با استفاده از نشانگر ISSR | ||
| نویسندگان [English] | ||
| مریم جمالی1؛ علیرضا قنبری1؛ اصغر استاجی1؛ موسی ترابی گیگلو1؛ مهدی صیدی2 | ||
| 1گروه علوم باغبانی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران، کدپستی: 56199-11367. | ||
| 2گروه علوم باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ایلام، ایلام، ایران. | ||
| چکیده [English] | ||
| گل نسترن وحشی یکی از مهم‌ترین گونه‌های خانوادة رزاسه در ایران است که می‌تواند به عنوان گیاه دارویی و همچنین پایه برای دیگر گونه‌های رز استفاده شود. این گیاه بومی سرزمین ایران است، لذا شناسایی ژنوتیپ‌های بومی برای حفظ ذخایر ژنتیکی و اهداف اصلاحی مهم و حیاتی هستند. تخمین تنوع ژنتیکی مواد گیاهی یکی از فعالیت‌های مهم در پیش اصلاح محصولات است. در پژوهش تنوع ژنتیکی، 23 ژنوتیپ نسترن وحشی با 15 نشانگر ISSR بررسی شد. ژنوتیپ‌ها از سه ناحیه مختلف استان اردبیل (نمین، نیر و خلخال) جمع آوری شدند. نتایج گواهی می‌دهد که همه پرایمرها، الگوی باندی واضح و چند شکل (77% چند شکلی) را نشان می‌دهند؛ اما آغازگر 15 تعداد باند چند شکل بیشتری را آشکار کرد که از این لحاظ از بقیه آغازگرها برتر بود. همچنین آغازگر 15 دارای بیشترین تعداد باند چند شکل با تعداد 7 باند و آغازگرهای UBC823 و UBC825 با سه باند کمترین باند چند شکل را تولید کردند. الگوی تجزیه کلاستر ژنوتیپ ها منطبق با نواحی جغرافیایی نمونه‌ها بود، بطوری که ژنوتیپ‌های خلخال از ژنوتیپ‌های نواحی نیر و نمین جدا شدند. همچنین نتایج حاکی از آن بود که نشانگر ISSR توانسته است ژنوتیپ‌ها را براساس مناطق جغرافیایی از یکدیگر جدا کند. با تعیین فاصله ژنتیکی بین ژنوتیپ‌ها، بهترین والدین، ژنوتیپ‌هایی با فاصله ژنتیکی زیاد است. براساس نتایج، نشانگر ISSR یک سیستم نشانگری مفید است که می‌تواند اطلاعات عالی از ژنوتیپ های نسترن وحشی فراهم کند. در نهایت نتایج بدست آمده نشان داد ژنوتیپ‌های نسترن وحشی در این تحقیق دارای تنوع ژنتیکی مطلوبی هستند. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| فاصله ژنتیکی, ISSR, نشانگر مولکولی, نسترن وحشی | ||
| مراجع | ||
|
Besnard G., Khadari B., Villemur P., and Bervillé A. (2001). Cytoplasmic male sterility in the olive (Olea europaea L.). Theoretical and Applied Genetics, 100: 1018–1024.
Debener T., Dohm A., and Mattiesch L. (2003). Use of diploid self-incompatible rose genotypes as a tool for gene flow analyses in roses. Plant Breeding, 122: 285–287.
Demir F., and Ozcan M. (2001). Chemical and technological properties of rose (Rosa canina L.) fruits grown wild in Turkey. Journal of Food Engineering, 47: 333–336.
Do Val A. D. B., Ferreira J. L., VieriraNeto J., Pasqual M., de Oliviera A. F., Borém A., and Cançado G. M. A. (2012). Genetic diversity of Brasilian and introduced olive germplasm based on microsatellite markers. Genetics and Molecular Research, 11(1): 556–571
Doyle J. J., and Doyle J. L. (1990). Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus, 12: 13-15.
Gao X., Bjork L., Trajkovski V., and Uggla M. (2000). Evaluation of antioxidant activities of rose hip ethanol extracts in different test systems. Journal of Science and Food Agriculture, 80: 2012–27.
Hannachi H., Breton C., Msallem M., Ben El Hadj S., El Gazzah M., and Bervillé A. (2010). Genetic relationships between cultivated and wild olive trees (Olea europaea L. var. europaea and var. sylvestris) based on nuclear and chloroplast SSR markers. Natural Resources, 1: 95–103.
Jurgens A. H., Seitz B., and Kowarik I. (2007).Genetic differentiation of Rosa canina at regional and continental scales. Plant Systematics and Evolution, 269: 39–53.
Jurgens A., Seitz H., and Kowarik, B. I. (2009). Genetic differentiation of Rosa canina (L.) at regional and continental scales. Plant Systematics and Evolution, 269: 39–53
Khosroushahi M., Sharafi Y., Sadeghzadeh B., Sadeghzadeh F., and Vafadar U. (2014). Evaluation of genetic diversity of wild roses around Maragheh using ISSR markers. Conference: 1st International and 13th Iranian Genetic Congress, 125–130.
Kimura M., and Weiss G. H. (1964). The stepping stone model of population structure and the decrease of genetic correlation with distance. Genetics, 49: 561–576.
Kocovsky P. M., Sullivan T. J. Knigth C. T., and Stepien C. A. (2013). Genetic and mormometric differences demonstrate finescale population substructure of the yellow perch Perca flavescens: need for redefined management units. Journal of Fish Biology, 82(6): 2015–2030.
Lewontin R. C. (1972). Testing the theory of natural selection. Nature, 236: 181–182.
Nei M. (1978). Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals. Genetics, 89: 583–590
Nilsson O. R. (1997). Flora of Turkey and the east Aegean islands.(4th Edn.), Davis P. H. (Ed.), Edinburgh: Edinburgh University Press, 106–128.
Percifield R. J., Hawkins J. S., Mccoy J. A., Widrlechner M. P., and Wendel J. F. (2007). Geneticdiversity in Hypericum perforatum and AFLP markers for species–specific identification of H. perforatum L. Plant Medicinal, 739: 1614–1621.
Perrier X., and Jacquemoud-Collet J. P. (2006). Darwin software, http://darwin.cirad.fr/darwin.
Pritchard J. K., Stephens M., and Donnelly P. (2000). Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics, 155: 945–959.
Rahnavard A., AsadianKhali G., and Mariamalsadat Taghavi P. (2013). Assessing genetic variation of dog rose (Rosa Canina L.) in Caspian climate. Biosciences Biotechnology Research Asia, 10(1): 119–125.
Reddy P. M., Sarla N., and Siddiq E. A. (2002). Inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism and its application in plant breeding. Euphytica, 128(1): 9–17.
Samiei L., Naderi R., Khalighi A., Bushehri A., Mozaffarian V., Esselink G. D., and Smulders M. J. M. (2010). In search of genetic diversity in Rosa foetida Herrmann in Iran. Acta Horticulturae, 836: 25–30.
Sarri V., Baldoni L., Porceddu A., Cultrera N. G. M., Contento A., Frediani M., Belaj A., Trujillo I., and Cionini P. G. (2006). Microsatellite markers are powerful tools for discriminating among olive cultivars and assigning them to defined populations. Genome, 49: 1606–1615
Tabaei-Aghdaei S. R., Babaei A., Khosh-Khui M., Jaimand K., Rezaee M. B., Assareh M. H., and Naghavi M. R. (2007). Morphological and oil content variations amongst Damask rose (Rosa damascena Mill.) landraces from different regions of Iran. Scientia Horticulturae, 113: 44–48.
Thimmappaiah W., Santhosh D., Shobha G., and Melwyn S. (2009). Assessment of genetic diversity in cashew germplasm using RAPD and ISSR markers. Scientia Horticulturae, 120: 411–417.
Ueda Y., Takeshita D., and Ando T. (1996). Pollination in Rosa rugosa Thunb. ex Murray. Acta Horticulturae, 424: 309–310.
Vijayan K. (2005). Inter simple sequence repeats (ISSR) polymorphism and its application in mulberry genome analysis. International Journal of Industrial Entomology, 10: 79–86.
Winther K., Vinther Hansen A. S., and Campbell-Tofte J. (2015). Bioactive ingredients of rose hips (Rosa canina L.) with special reference to antioxidative and anti-inflammatory properties: in vitro studies. Dove press, 5: 234–251.
Wissemann V., and Hellwig F. H. (1997) Reproduction and hybridisation in the genus Rosa, section Caninae (Ser.) Rehd. Botanica Acta, 110: 251–256.
Yeh F. C., Yang R. C., and Boyle T. (1999). POPGENE 32-version 1.31. Population Genetics Software. ftp://ftp.microsoft.com/Softlib/HPG-L.EXE. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 586 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 491 |
||