دانشگاه بین المللی امام خمینی

  اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات20
تعداد شماره‌ها347
تعداد مقالات2,870
تعداد مشاهده مقاله3,261,289
تعداد دریافت فایل اصل مقاله2,396,258
Hosseinpour, Batool, Bakhtiarizadeh, MohammadReza, Yousefzadeh, Hamed, Bina, Hamid. (1400). In-silico identification of SSRs based on RNA-sequencing data from fully open flowers of a frost-tolerant almond under frost stress. لسان مبین, 10(1), 101-106. doi: 10.30479/ijgpb.2022.17816.1329
Batool Hosseinpour; MohammadReza Bakhtiarizadeh; Hamed Yousefzadeh; Hamid Bina. "In-silico identification of SSRs based on RNA-sequencing data from fully open flowers of a frost-tolerant almond under frost stress". لسان مبین, 10, 1, 1400, 101-106. doi: 10.30479/ijgpb.2022.17816.1329
Hosseinpour, Batool, Bakhtiarizadeh, MohammadReza, Yousefzadeh, Hamed, Bina, Hamid. (1400). 'In-silico identification of SSRs based on RNA-sequencing data from fully open flowers of a frost-tolerant almond under frost stress', لسان مبین, 10(1), pp. 101-106. doi: 10.30479/ijgpb.2022.17816.1329
Hosseinpour, Batool, Bakhtiarizadeh, MohammadReza, Yousefzadeh, Hamed, Bina, Hamid. In-silico identification of SSRs based on RNA-sequencing data from fully open flowers of a frost-tolerant almond under frost stress. لسان مبین, 1400; 10(1): 101-106. doi: 10.30479/ijgpb.2022.17816.1329

In-silico identification of SSRs based on RNA-sequencing data from fully open flowers of a frost-tolerant almond under frost stress

Iranian Journal of Genetics and Plant Breeding
دوره 10، شماره 1 - شماره پیاپی 19، تیر 2021، صفحه 101-106    اصل مقاله (507.06 K)
نوع مقاله: Research paper
شناسه دیجیتال (DOI): 10.30479/ijgpb.2022.17816.1329
نویسندگان
Batool Hosseinpour* 1؛ MohammadReza Bakhtiarizadeh2؛ Hamed Yousefzadeh3؛ Hamid Bina3
1Department of Agriculture, Iranian Research Organization for Science and Technology (IROST), Institute of Agriculture, Tehran, Iran.
2Department of Animal and Poultry Science, College of Aburaihan, University of Tehran, Tehran, Iran.
3Department of Environment, Faculty of Natural Resources, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran.
تاریخ دریافت: 27 شهریور 1401،  تاریخ بازنگری: 16 آذر 1401،  تاریخ پذیرش: 27 آذر 1401 
چکیده
Spring frost injury is a major environmental limit for the productivity of stone fruits such as almond. Thus, it is important to screen and breed spring frost tolerant trees. Among molecular markers, SSR derived from EST sequences are more desirable for breeding programs. In our previous study, we employed a frost treatment for flowers of a frost-tolerant almond genotype at full blooming stage as the important phenological stage to study frost stress. The transcriptomes of the frost-treated and non-frost-treated flowers (after post-thaw period) were analyzed and compared by using next generation sequencing technology. A total of 63218 sequences were generated and analyzed using SSR-Locator. In total, 2680 SSRs were identified and 2601 of sequences contained SSRs. In 11 sequences, there was more than one EST-SSRs. Among the potential EST-SSRs, five types of the motifs were identified; di-nucleotide and tri-nucleotide had the highest frequencies followed by penta-nucleotide, hexa-nucleotide and tetra-nucleotide repeats. Our study revealed that di- and tri-nucleotide motifs are more frequent. TA/TA and GA/TC were the most abundant di-nucleotide motifs while GAA, AAC and ACC were common in tri-nucleotide SSRs. GO annotation showed that the top GO terms associated with SSRs containing tri-nucleotide motif were involved in the regulation of transcription, regulation of cellular biosynthetic processes, regulation of gene expression, regulation of cellular processes, response to stress and response to stimulus. Our study is the first report on SSR development for fully open flowers of a frost-tolerant almond genotype.
کلیدواژه‌ها
Almond؛ Frost؛ Fully open flowers؛ SSR؛ RNA-seq
عنوان مقاله [English]
شناسایی نشانگرهای SSR در داده های ترانسکریپتوم گلهای باز بادام تحت تنش یخ زدگی
نویسندگان [English]
بتول حسین پور1؛ محمدرضا بختیاری زاده2؛ حامد یوسف زاده3؛ حمید بینا3
1گروه کشاورزی، سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایران (IROST)، پژوهشکده کشاورزی، تهران، ایران.
2گروه علوم دامی و طیور، پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران، تهران، ایران.
3گروه محیط زیست، دانشکده منابع طبیعی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران.
چکیده [English]
سرمازدگی بهاره از عوامل محدود کننده تولید میوه در درختان میوه سنگی به خصوص بادام است بنابراین غربالگری و اصلاح درختان میوه متحمل به سرمازدگی بهاره امری ضروری است. در بین نشانگرهای ملکولی، نشانگر های SSR که از EST ها مشتق شده اند در برنامه های اصلاحی مطلوب تر هستند. در تحقیق قبلی، گل های باز یک ژنوتیپ متحمل به سرمازدگی بهاره تحت تنش سرما آزمایش شدند و ترانسکریپتوم گلهای باز تحت شرایط سرما و کنترل با استفاده از تکنولوژی توالی یابی آنالیز گردید. تعداد 63218 توالی تولید شده با استفاده از نرم افزار SSR-Locator آنالیز گردید. در نتیجه، 2680 SSR و 2601 توالی حاوی SSR شناسایی شد. در یازده توالی، بیش از یک EST-SSR وجود داشت. در بین EST-SSRs ، پنج موتیف تکرارشونده متفاوت شناسایی شدند که بیشترین فراوانی ها به ترتیب مربوط به دی-، تری، پنتا- ، هگزا و تترا نوکلئوتیدها بودند. بررسی ما نشان داد که بیشترین موتیف های دی نوکلئوتیدی از نوع TA/TA و GA/TC بودند و موتیف های GAA و ACC و ACC بیشترین موتیف ها یتری نوکلئوتیدی بودند. آنالیز آنتولوژی ژنها نشان داد که بیشتر SSR های حاوی موتیف های تری نوکلئوتیدی در تنظیم رونویسی، تنظیم فرایندهای بیوسنتز سلولی، تنظیم بیان ژن، تنظیم فرایند سلولی و پاسخ به تنش و محرک ها نقش دارند. مطالعه حاضر اولین گزارش در مورد شناسایی SSR ها در گل های باز بادام می باشد.
کلیدواژه‌ها [English]
بادام, گل باز, سرمازدگی, SSR, توالی یابی RNA
سایر فایل های مرتبط با مقاله
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 142
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 81


سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب